四川省农业科学院农产品加工所于2009年11月经中共四川省委机构编制委员会办公室批复，由原实验场更名成立。内设机构包括：所管理部门、科研（研究室）、科研服务（院基地管理中心）及股份制公司。

科研机构包含果蔬贮藏加工、粮油加工、功能食（药）品、农副产物利用和薯类加工五个研究室及生化工程研究中心。主要开展果蔬贮藏保鲜、果蔬鲜切产品加工和质量控制、优质粮油、薯类精深加工、农副产物综合利用和功能食（药）品的开发、利用、技术工艺升级、科技转化、科技咨询、服务，以及农产品加工质量安全控制和相关标准的研究制定等工作。

科研服务机构（院基地管理中心，2012年6月成立）下设公共管理部、科研服务部和科普培训及园区拓展部三个部门。主要管理地处四川省成都市新都区的四川省农业科学院现代农业高新技术创新转化示范园和郫县科研基地。基地现有科研用地3100亩，承担着国际、国家、部、省等合作科研课题的实验、示范任务300多个。

控股公司（精科生化制剂有限公司），主要开展兽（渔）药、医药原料药、中间体的研究及销售。公司在多肽药物合成、医药制剂、生化提取等方面具有较高的研究水平和扎实的产品开发基础，产品销售网络遍布四川、云南、贵州及甘肃等地区。